Revival da clássica animação dos heróis mutantes da Marvel, X-Men ‘97 continua a história de onde a equipe parou nos anos 1990, em sua 5ª temporada. No último episódio, chamado “Dia da Formatura”, o Professor Xavier foi atacado em um congresso e acabou em coma. Magneto, por sua vez, vê oportunidade de unir diversos mutantes contra os humanos. A equipe de alunos do maior telepata do mundo precisa se reunir e descobrir uma saída desta situação.